Parafia Ducha Świętego w Siedlcach powstała w latach osiemdziesiątych XX wieku. Jej erygowanie wiązało się napływem ludności spowodowanym utworzeniem Południowej Dzielnicy Przemysłowej w Siedlcach. W tamtym czasie tereny te były objęte troską duszpasterską księży z parafii świętego Stanisława w Siedlcach. Kościół ten wobec napływającej za pracą ludnością, okazał się za mały.

28 maja 1986 roku Biskup Siedlecki Jan Mazur, wydał Dekret erygujący nową parafię pod wezwania Ducha Świętego, której administratorem czasowo został proboszcz parafii św. Stanisława ksiądz prałat Mieczysław Łuszczyński. Z dniem 1 lipca 1987 roku proboszczem został ks. dr. Stefan Kornas. Pierwsze nabożeństwa odbywały się „pod gołym niebem” .

W 1988 roku rozpoczęła się budowa kaplicy. Ofiarna praca parafian przynosiła efekty i wspólnymi siłami udało się przed zimą oddać budynek do użytku. 26 grudnia biskup Jan Mazur poświęcił kaplicę. Obecnie w kaplicy mieści się Ośrodek Duszpasterstwa Akademickiego w Siedlcach i diecezjalna internetowa telewizja Faro TV.

W 1990 roku postawiono budynek plebanii. Następnie celem stała się budowa kościoła. 7 maja 1993 roku ks. Biskup Ordynariusz Jan Mazur poświęcił plac pod przyszły kościół parafialny. Ruszyły prace budowlane. W rok później 21 maja 1994 roku w wigilię Zesłania Ducha Świętego wmurowano kamień węgielny w fundamenty kościoła.  11 listopada 1999 roku uroczystego poświęcenia Kościoła dokonał biskup siedlecki Jan Wiktor Nowak. Po przejściu na emeryturę ks. Stefana Kornasa administratorem parafii został mianowany ks. Ryszard Andruszczak, a od 03 sierpnia 2004 roku proboszczem naszej parafii jest ks. kan. Janusz Wolski.