Wraz z powstaniem dzielnicy przemysłowej w Siedlcach, rozrastało się miasto i przybywało nowych osiedli, a szczególnie przy ulicach: Młynarskiej i Prymasa Stefana Wyszyńskiego.

W związku z powstaniem dwóch nowych osiedli mieszkaniowych na obszarze parafii św. Stanisława, istniejący kościół okazał się za mały, aby sprostać potrzebom duszpasterskim ponad 30 – tysięcznej społeczności wiernych.

W 1985 roku Kuria Diecezjalna wielokrotnie zwracała się z prośbą do Urzędu Wojewódzkiego w Siedlcach o wyrażenie zgody na utworzenie nowej parafii w południowo – wschodniej części miasta Siedlce, w obrębie granic parafii św. Stanisława.

W lutym 1986 roku ks. biskup, Jan Mazur, otrzymuje zgodę na utworzenie nowej parafii. Występuje do władz wojewódzkich z prośbą o wyrażenie zgody na budowę nowego kościoła na działce położonej w narożniku ulic: Brzeskiej i Prymasa Stefana Wyszyńskiego, na której znajduje się obecnie KRUS i stacja benzynowa. Zgody na tę lokalizację jednak nie otrzymał. Władze wojewódzkie zaproponowały wzniesienie świątyni przy ulicy Brzeskiej w pobliżu ulicy Franciszka Kleeberga.

28 maja 1986 roku ks. biskup ordynariusz, Jan Mazur wydał Dekret o utworzeniu parafii Ducha Świętego w Siedlcach powierzając ją do czasu mianowania nowego proboszcza w administrację proboszczowi parafii św. Stanisława.

W skład nowotworzonej parafii włączono następujące ulice: Brzeska, Budowlana, Chałubińskiego, Chłodna, Domy Kolejowe, Fabryczna, Floriańska (część), Formińskiego, Furmańska, Generała Grota Roweckiego, Hejły, Hoża, Kilińskiego, Kleeberga, Kolejowa, Ks. Skorupki, Ks. Ściegiennego, Łączna, Łukowska, 3 Maja, Młynarska (część), Murarska, I Brygady Legionów, Południowa (część), Prymasa Stefana Wyszyńskiego, Radzyńska, Sekulska, Słoneczna, Starowiejska, Sybiraków, Świętokrzyska, Targowa, Terespolska, Torowa, Zaręby, oraz następujące wioski: Białki i Grabianów z koloniami, Joachimów, kolonia Mościbrody i Ujrzanów.

Parafia liczyła około 12 tysięcy wiernych.

Z dniem 1 lipca 1987 r. proboszczem nowo powstałej parafii został Ks. prałat dr Stefan Koran wykładowca Wyższego Seminarium Duchownego i pracownik kurii diecezjalnej. W pierwszych miesiącach podjął starania o zmianę lokalizacji budowy kościoła i zaproponował teren u zbiegu obecnych ulic Brzeskiej i Prymasa Wyszyńskiego. Po długim oczekiwaniu otrzymał zgodę od Urzędu Wojewódzkiego. Niezwłocznie przystąpiono do prac projektowych zagospodarowania terenu, które zlecono architektowi Panu mgr Jerzemu Reczko z Warszawy.

Od 18 maja 1988 roku do pracy w parafii Ducha św. zostali skierowani dwaj wikariusze Ks. Stanisław Małek i Ks. Waldemar Tkaczuk. W tym czasie trwały prace związane z przygotowaniem placu do poświecenia i odprawienia pierwszej Mszy św. Przy organizacji parafii pomagał ksiądz kanonik Mieczysław Łuszczyński – proboszcz parafii św. Stanisława wraz ze swoimi wikariuszami. Parafia Bożego Ciała w Siedlcach z proboszczem ks. Stanisławem Wojteczukiem przekazała ołtarz polowy, na którym w Uroczystość Zesłania Ducha Świętego ks. biskup Jan Mazur o godz. 15.00 odprawił pierwszą msze św i dokonał poświęcenia placu pod budowę kaplicy. Na pamiątkę tego wydarzenia mieszkańcy Joachimowa ufundowali krzyż , który stoi do dziś i przypomina początki parafii. Od tego momentu codziennie przy ołtarzu polowym odprawiana była msza św. o godz. 18.00.

W dniu 6 czerwca 1988 roku Wydział Architektury w Siedlcach udzielił pozwolenia na budowę kaplicy.

31 sierpnia został do pracy w parafii skierowany trzeci wikariusz ks. Tomasz Kostecki.

W czasie budowy kaplicy pogrzeby parafian odbywały się w kaplicy cmentarnej przy ulicy Janowskiej, a śluby odprawiano w kościele św. Stanisława BM.. Sakrament chrztu św. był udzielany przy ołtarzu polowym.

Po pięciu miesiącach od rozpoczęcia budowy kaplicy 30 października 1988r. zostało odprawione w niej pierwsze nabożeństwo różańcowe, a w dniach od 4 do 8 grudnia odbyły się w niej pierwsze rekolekcje adwentowe.

W drugi Dzień Bożego Narodzenia w święto św. Szczepana ks. Biskup Jan Mazur dokonał poświęcenia nowo wzniesionej kaplicy i odprawił Msze św. w intencji parafii.

31 grudnia 1988 roku w kaplicy pierwsi małżonkowie zawarli sakramentalne małżeństwo.

W kolejnych miesiącach kontynuowano prace związane z wykańczaniem wnętrza kaplicy.

21 maja 1989 roku w Uroczystość Trójcy św. około 200 dzieci przystąpiło do Pierwszej Komunii św. . (Do dnia dzisiejszego swoją Pierwszą Komunie św. w naszej parafii przeżyło ponad 5, 5 tys dzieci

25 czerwca 1989 w parafii została odprawiona pierwsza msza prymicyjna przez księży Grzegorza Stolarskiego i Ks. Piotra Paćkowskiego pochodzących z naszej parafii. (W kolejnych latach swoje msze prymicyjne odprawiali kolejni parafianie : ks. Grzegorz Kamiński, Ks. Andrzej Sochal ,ks. Jacek Świątek, Ks. Marcin Głusek, Ks. Bogdan Kozłowski, Ks. Paweł Padysz, Ks. Wojcech Kaszczyc, Ks. Mateusz Sobierajski – michaelita, Ks. Piotr Śledź i Ks. Piotr Samborski)

W 1990 roku rozpoczęto budowę budynku mieszkalno-gospodarczego (obecnej plebanii).

W 1992 roku zakupiono działkę pod budowę kościoła i rozpoczęto prace projektowe nowego kościoła.

W 1993 roku 26 kwietnia miało miejsce w parafii pierwsze bierzmowanie. Sakramentu bierzmowania udzielił Biskup Henryk Tomasik . Przez wszystkie lata istnienia parafii prawie 6 tys. młodzieży przyjęło sakrament bierzmowania.

7 maja 1993 Ks. Bp Jan Mazur poświecił plac pod budowę nowego kościoła.

W tym roku powstał w parafii Parafialny Zespół Charytatywny „Caritas”.

13 listopada 1993r. na stanowisko administratora parafii został mianowany ks. Ryszard Andruszczak, który pracował w parafii przez pięć miesięcy. 22 kwietnia 1994r. został mianowany proboszczem parafii Wojcieszków.

W sobotę 21 maja 1994 w Wigilię Zesłania Ducha św. nastąpiło wmurowanie kamienia węgielnego w mury budującego się kościoła. Dokonał tego Bp. Jan Mazur.

W 1998 roku 5 kwietnia wyszedł pierwszy numer parafialnego tygodnika „Wspólnota”. Tygodnik ten był wydawany przez 6 lat do 20 czerwca 2004r. w nakładzie 2500-2800 egzemplarzy.

28 września 1999r. – Bp Jan Wiktor Nowak poświecił postawiony przed kościołem pomnik ku czci bł. Męczenników z Pratulina.

Budowa kościoła trwała 6 lat. W dniu 11 listopada 1999r. Biskup Jan Wiktor Nowak konsekrował nowy kościół.

Kilka dni później odbyły się w nim pierwsze Misje Ewangelizacyjne przed Jubileuszem roku 2000. Prowadzili je ks. Józef Szajda i Ks. Stanisław Małek – dawny wikariusz parafii.

Kolejne misje święte odbyły się w 2024r. prowadzili je ks. kan. Jacek Sereda i ks. kan. Andrzej Sochal.

12 listopada 2000r. przez ks. bp Henryka Tomasika zostały poświęcone cztery dzwony:
<ul>
<li>Poświęcony Jezusowi Miłosiernemu (bije o godz. 15.00)</li>
<li>Poświęcony Matce Bożej Nieustającej Pomocy (bije o godz. 6.00, 12.00 i 18.00)</li>
<li>Poświęcony Męczennikom Podlaskim.</li>
<li>Pamiątka Jubileuszu Roku 2000</li>
</ul>
W kolejnych latach trwały prace przy rozbudowie plebanii.

11 listopada 2001 roku Bp Senior Jan Mazur pobłogosławił mozaikę Matki Bożej Nieustającej Pomocy wykonaną na wschodniej ścianie frontonu kościoła.

W dniu 4 lipca 2004r. decyzją bpa. Zbigniewa Kiernikowskiego została dokona zmiana na stanowisku proboszcz. Ks. Prałat Stefan Kornas ze względu na wiek przeszedł na emeryturę i jako senior do śmierci pomagał w parafii. A nowym proboszczem został ks. kan. Janusz Wolski, który pełnił ten urząd do 30 czerwca 2025r. Po przejściu na emeryturę zamieszkał na plebanii. Kolejnym proboszczem mianowany przez księdza Biskupa Kazimierza Gurdę został ks. Bogusław Filipiuk, który był wikariuszem w parafii Ducha św. w latach 2000-2007.

W czasie sprawowania urzędu proboszcz przez ks. Janusza kościół był upiększany i we wewnątrz malowany. Wymieniono okna, wstawiono witraże, sprowadzono relikwie świętych: Bł. Honorata Koźmińskiego, św. Antoniego Padewskiego, św. Charbela, św. o. Pio i św. Jozafata Kuncewicza.

Został zrobiony parking z kostki, ogrodzenie i zasadzono wiele drzew i krzewów na terenach należących do parafii.

W parafii na przestrzeni 40 lat pracowało 39 wikariuszy oraz pomagało wielu kapłanów seniorów i pracujący w duszpasterstwie poza parafialnym.

Z parafii pochodzi dziesięciu kapłanów i jedna siostra zakonna.

W maju 2026 parafia przygotowywała się do 40 rocznicy powstania przez renowacje misji św. którą prowadził ks. Jacek Sereda. Na pamiątkę 40 rocznicy mieszkańcy Białk ufundowali krzyż i postawili go w swojej miejscowość.

&nbsp;